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总之，脑具有精神、意识、思维功能，为精神、意识、思维活动的枢纽，“为一身之宗，百神之会”（《修真十书》）。脑主精神意识的功能正常，则精神饱满，意识清楚，思维灵敏，记忆力强，语言清晰，情志正常。否则，便出现神明功能异常。
主感觉运动：眼耳口鼻舌为五脏外窍，皆位于头面，与脑相通。人的视、听、言、动等，皆与脑有密切关系。“五官居于身上，为知觉之具，耳目口鼻聚于首，最显最高，便于接物。耳目口鼻之所导人，最近于脑，必以脑先受其象而觉之，而寄之，而存之也”（《医学原始》）。“两耳通脑，所听之声归脑；两目系如线长于脑，所见之物归脑；鼻通于脑，所闻香臭归于脑；小儿周岁脑渐生，舌能言一二字”（《医林改错》）。
脑为元神之府，散动觉之气于筋而达百节，为周身连接之要领，而令之运动。脑统领肢体，与肢体运动紧密相关。“脑散动觉之气，厥用在筋，第脑距身远，不及引筋以达四肢，复得颈节膂髓，连脑为一，因遍及焉”（《内镜》）。脑髓充盈，身体轻劲有力。否则，胫酸乏其功能失常，不论虚实，都会表现为听觉失聪，视物不明，嗅觉不灵，感觉异常，运动失。
总之，脑实则神全。“脑者人身之大主，又曰元神之府”，“脑气筋人五官脏腑，以司视听言动”，“人身能知觉运动，及能记忆古今，应对万物者，无非脑之权也”（《医易一理》）。
脑与五脏的关系
脏象学说将脑的生理病理统归于心而分属于五脏，认为心是君主之官，五脏六腑之大主，神明之所出，精神之所舍，把人的精神意识和思维活动统归于心，称之曰“心藏神”。但是又把神分为神、魂、魄、意、志五种不同的表现，分别归属于心、肝、肺、脾、肾五脏，所谓“五神脏”。神虽分属于五脏，但与心、肝、肾的关系更为密切，尤以肾为最。因为心主神志，虽然五脏皆藏神，但都是在心的统领下而发挥作用的。肝主疏泄，又主谋虑，调节精神情志：肾藏精，精生髓，髓聚于脑，故脑的生理与肾的关系尤为密切。肾精充盈，髓海得养，脑的发育健全，则精力充沛，耳聪目明，思维敏捷，动作灵巧。若肾精亏少，髓海失养，脑髓不足，可见头晕、健忘、耳鸣。甚则记忆减退、思维迟钝等症。
脑的功能隶属于五脏，五脏功能旺盛，精髓充盈，清阳升发，窍系通畅，才能发挥其生理功能。
心脑相通：“心脑息息相通，其神明自湛然长醒”（《医学衷中参西录，痫痉癫狂门》）。心有血肉之心与神明之心，血肉之心即心脏。“神明之心……主宰万事万物，虚灵不昧”（《医学入门·脏腑》），实质为脑。心主神明，脑为元神之腑；心主血，上供于脑，血足则脑髓充盈：故心与脑相通。临床上脑病可从心论治，或心脑同治。
脑肺相系：肺主一身之气，朝百脉，助心行血。肺之功能正常，则气充血足，髓海有余，故脑与肺有着密切关系。所以，在临床上脑病可以从肺论治。
脑脾相关：脾为后天之本，气血生化之源，主升清。脾胃健旺，熏蒸腐熟五谷，化源充足，五脏安和，·九窍通利，则清阳出上窍而上达于脑。脾胃虚衰则九窍不通，清阳之气不能上行达脑而脑失所养。所以，从脾胃人手益气升阳是治疗脑病的主要方法之一。李东垣倡“脾胃虚则九窍不通论”，开升发脾胃清阳之气以治脑病的先河。
肝脑相维：肝主疏泄，调畅气机，又主藏血，气机调畅，气血和调，则脑清神聪。若疏泄失常，或情志失调，或清窍闭塞，或血溢于脑，即“血之与气并走于上而为大厥”；若肝失藏血，脑失所主，或神物为两，或变生他疾。
脑肾相济：脑为髓海，精生髓，肾藏精，“在下为肾，在上为脑，虚则皆虚”（《医碥·卷四》），故肾精充盛则脑髓充盈，肾精亏虚则髓海不足而变生诸症。“脑为髓海……髓本精生，下通督脉，命火温养，则髓益之”，“精不足者，补之以味，皆上行至脑，以为生化之源”（《医述》引《医参》）。所以，补肾填精益髓为治疗脑病的重要方法。
总之，脏象学说认为，五脏是一系统整体，人的神志活动虽分属于五脏，但以心为主导：脑虽为元神之府，但脑隶属于五脏，脑的生理病理与五脏休戚相关。故脑之为病亦从脏腑论治，其关乎于肾又不独责于肾：对于精神意识思维活动异常的精神情志疾病，决不能简单地归结为心藏神的病变，而与其他四脏无关。对于脑的病变，也不能简单地仅仅责之于肾，而与其他四脏无关。
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