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金元时期的战争，给方剂学的发展造成了不良影响，但许多临床医家仍潜心于医方的研究和总结，只是除危亦林《世医得效方》之外，方剂学的成就主要反映在临床医学著作之中。其他医方专书还有：刘完素《宣明论方》、张从正《经验方》《秘录奇方》、李东垣《东垣试效方》、杨用道《附广肘后方》、朱丹溪《局方发挥》、许国祯《御药院方》、孙允贤《医方集成》、李仲南《永类钤方》、陈子靖《医方大成》等。
在宋儒理学“格物致知”的理论影响下，开始了医方义理的探讨。金人成无己之《伤寒明理论》系统阐述了张仲景《伤寒论》常用方20首的组方原理及方、药间的配伍关系，开方论之先河，拓展了方剂学的学术领域。
宋金元时期的医家，还留下了不少新颖而灵验的方剂，如钱乙《小儿药证直诀》的六味地黄丸、导赤散、泻白散，刘完素《宣明论方》的防风通圣散、双解散，王好古《此事难知》引张元素的九味羌活汤，李东垣《脾胃论》的补中益气汤、当归补血汤，《东垣试效方》的普济消毒饮，朱丹溪《丹溪心法》的左金丸、大补阴丸、二妙散等。
六、明清时期
方剂学和本草学的发展，一直是相辅相成的，明代不仅本草学大盛，方剂学同样获得了巨大成功。这一时期的方书，既有搜罗广博、规模宏大的官修巨著，即我国古代规模最大的方剂大全《普济方》，又有集约的袖珍良方；有的以收集前人用方为主旨，有的则以记录时下验方和个人心得为侧重；有的着意于释方训义，出现了第一部方论专著——吴昆的《医方考》；有的立足于追溯诸方的衍化源流，如施沛的《祖剂》。整个方剂之学，不仅体现在方书卷帙之浩繁、方剂数目之巨大，而且论方质量提高，理、法、方、药日臻成熟，更加融为一体。
明代的临床医学著述中，也有丰富的方剂学内容。如王肯堂的《证治准绳》，其收方之广，向为医界所称道；张介宾《景岳全书》，尤其是其中“新方八略”所创制的部分方剂，对后世影响极大。此外，吴又可《温疫论》、虞抟《医学正传》、龚廷贤《万病回春》、秦景明《症因脉治》、绮石《理虚元鉴》、薛己《外科发挥》、陈实功《外科正宗》、武之望《济阴纲目》等，均对方剂学有其特殊贡献，留下了许多传世的新方。如王肯堂的芍药散、四神丸，薛己的八珍汤，洪九有的天王补心丹，韩懋的三子养亲汤，吴又可的达原饮，陈实功的透脓散、消风散、玉真散，虞抟的九仙散，缪希雍的竹叶柳蒡汤等，至今仍很常用。
这一时期本草书中的附方，也蔚然可观。仅《本草纲目》一书，就有简便而灵验的单方 11000多首。这些内容，不但是方剂学的组成部分，而且加强了方和药的有机结合。
清代未能留下鸿篇巨制的方书，但方剂学仍有若干特色和成就。
首先，清代的方书，无意求其赅备，而趋向于由博返约。博采众家良方的实用性医方，使便于诵读和记忆的入门方歌大量出现，并深受医药生徒和临床医生欢迎，盛行不衰，有的至今仍广为流传，使方剂知识进一步普及。各种验方、单方辑本亦不断增多，达300余种，成为清代方书的一大特点。不过其中不少为质量平平之作。
其次，清人继《医方考》之后，又将制方理论、方义分析、配伍关系的研究大大向前推进，成绩裴然。除《医方集解》等实用类方书潜心于这些阐发外，医经学派对仲景方的推崇和钻研，也直接促进了方剂释义的深入和实用化。如柯韵伯《伤寒论翼》所附“制方大法”，对《伤寒论》方的辨证、立法和制方的深入讨论；徐灵胎《医学源流论》中关于方剂的六篇论文对方剂理论的发挥，都可谓新见迭出，至今仍有较大的指导意义。这一时期的众多本草，不再满足于药后简单的收载附方，而是将方融于论药之中，加以分析比较，从而改变了方药分离的不良状况。黄元御的《长沙药解》《玉楸药解》及周岩的《本草思辨录》等，名虽论药，实多解方。所有这些，足以说明清人阐释方义已蔚然成风，同时也反映出方剂学的发展。
其三，随着明末清初中药功用项目的确立，功用与主治含义的廓清，以及治法理论的发展，清代方书的书写格式亦相应出现了先言功用、后列主治的变化。方书的分类，也引入了按功用分类和按治法分类的方法。现代方剂学的雏形，于此出现。此外，清代《古今图书集成·医部全录》《四库全书》《医宗金鉴》《温病条辨》《医学心悟》等大量的医学全书、丛书、类书和临床著作，在保存方剂文献资料方面，功不可没，如前述之《普济方》有赖《四库全书》转引而幸存；在发展方剂理论、创制新方方面，积累了宝贵经验，如温病学派的辛凉解表、清营凉血、熄风潜阳、解毒开窍等治法，以及银翘散、清营汤、止嗽散、补阳还五汤、通窍活血汤、阳和汤等，无一不是近、现代方剂学发展的源泉。 |
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